Ninja komando oyunu oynarken bilgisayarlarda fare, cep telefonları ve mobil tabletlerde parmağınızı ekrana tıklayıp sürükleyerek silahınızın hedef işaretini kontrol ediyorsunuz. Hedef işareti ekranda beyaz daire şeklinde görünüyor. Bu işaret düşman askerlerinin, tanklarının ve diğer askeri araçların üzerine denk geldiğinde silahınız otomatik olarak ateş ediyor. Yani siz ateş etmek için herhangi bir tuşa basmıyorsunuz.
